استفاده از خدمات شرکت‌های معتمد مالیاتی، علی‌رغم مزایای فراوان، می‌تواند معایبی نیز داشته باشد:

1. هزینه بالا: تعرفه‌های تعیین‌شده برای خدمات این شرکت‌ها ممکن است برای برخی مودیان، به‌ویژه مودیان با حجم معاملات پایین، غیرقابل‌صرفه باشد.
2. هزینه‌های اضافی: برخی شرکت‌های معتمد ممکن است هزینه‌های اضافی مانند هزینه‌های مشاوره و آموزش را به مودیان تحمیل کنند.
3. عدم تخصص کافی: همه شرکت‌های معتمد در یک سطح از تخصص و تجربه قرار ندارند و ممکن است برخی از آن‌ها نتوانند خدمات مورد نیاز مودیان را به درستی ارائه دهند.
4. انتخاب شرکت نامناسب: انتخاب شرکت معتمد نامناسب می‌تواند منجر به بروز مشکلاتی برای مودیان شود، مانند ارائه اطلاعات نادرست و عدم انجام تعهدات.
5. عدم نظارت کافی: نظارت سازمان امور مالیاتی بر عملکرد شرکت‌های معتمد به‌طور کامل نیست و ممکن است برخی شرکت‌ها تخلفاتی را انجام دهند که به ضرر مودیان باشد.
6. عدم استقلال: شرکت‌های معتمد به نوعی وابسته به سازمان امور مالیاتی هستند و ممکن است تحت فشار یا نفوذ این سازمان قرار بگیرند.